Filosóficamente, se basa en el omoto (‘gran origen’), una secta neosintoísta fundada a fines del siglo XIX por una mujer de nombre Nao Deguchi y propagada a comienzos del siglo XX por su yerno, Onisaburo Deguchi, la cual tuvo una influencia importante en el pensamiento de Ueshiba desde el año 1919.
El Maestro Morihei Ueshiba concluyó que el verdadero espíritu de las artes marciales no debe centrarse en el combate y la competencia, sino en la búsqueda de la perfección física y mental del ser humano, a través del entrenamiento y la práctica continuada.
Basándose en la enseñanza de su creador, el aikido se niega a convertirse en un deporte competitivo y rechaza todo tipo de certámenes o concursos que incluyan las divisiones por pesos, las clasificaciones basadas en el número de victorias y la recompensa a los campeones, ya que estas cosas, entiende, sólo alimentan el ego, y a largo plazo, la falta de interés por los demás.
En las propias palabras de O-Sensei, definiendo los «Cinco Principios del Aikido» que estructuran su «núcleo», se aprecia la profunda espiritualidad y religiosidad de su pensamiento:
- Aikido es el camino que une a todos los caminos del universo por toda la eternidad, es la Mente Universal que contiene todas las cosas y unifica todas las cosas,
- El Aikido es la verdad enseñada por el universo y se debe aplicar a nuestras vidas en esta tierra;
- Aikido es el principio y el camino que unen a la humanidad con la Conciencia Universal,
- Aikido llega a su término cuando cada individuo, a través de su verdadero camino, se hace uno con el universo,
- Aikido es el camino de la fuerza y la compasión que lleva a la perfección infinita para mayor gloria de Dios.